Urodził się na w Amathus na Cyprze, w rodzinie bogatej arystokracji jako jedyny syn, około 550 roku. Od wczesnych lat okazywał szczególną litość dla biednych. Mimo, że chciał zostać duchownym, uległ namowom rodziców i ożenił się. Po przedwczesnej śmierci żony i dwóch synów przywdział suknię duchowną. Gdy w 606 roku zmarł patriarcha aleksandryjski, św. Jan został jednomyślnie wybrany jego następcą. Zmarł na Cyprze 11 listopada 616 roku.